Согласно Положению о Карельском филиале ФГБНУ «ВНИРО» в зону ответственности входят следующие пресноводные водные объекты:
- Онежское озеро, расположенное в границах трех субъектов Российской Федерации (Республика Карелия, Вологодская и Ленинградская области);
- Ладожское озеро в границах Республики Карелия;
- Водные объекты Республики Карелия, за исключением притоков Белого моря.
Водоемы зоны ответственности «КарелНИРО» расположены в двух рыбохозяйственных бассейнах – Северном и Западном.
К Западному рыбохозяйственному бассейну относится Ладожское озеро с бассейнами впадающих в него рек. Остальные водные объекты относятся к Северному рыбохозяйственному бассейну.
